O grodzie obronnym na wzgórzu Zamkowym w Kłodzku (369 m npm) po raz pierwszy wspomina czeski kronikarz Kosmas około 981 roku. W roku 1114 gród zdobył czeski książę Sobiesław. W roku 1129, będący już królem Czech, Sobiesław odbudowuje i rozbudowuje gród. Na mocy porozumienia między Sobiesławem i księciem Bolesławem Krzywoustym, ziemia kłodzka wraz z miastem pozostaje w granicach Czech. W 1300 roku gród przebudowano na zamek mieszkalny, a za czasów króla czeskiego Jerzego z Podiebradów zamek przekształcono w rezydencję będącą siedzibą władcy Hrabstwa Kłodzkiego wchodzącego w skład Królestwa Czech. W obrębie zamku, oprócz pomieszczeń mieszkalnych, znajdowała się kaplica zamkowa oraz kościół św. Wacława i św. Marcina. W latach 1557-1560 Ernest Lorenz Kirschke rozbudował rezydencję o zamek średni i niski.
W czasie wojny trzydziestoletniej, w 1622 roku po bitwie na Białej Górze wojska austriackie zajęły twierdzę i miasto Kłodzko. Z powodu szkód spowodowanych przez armię cesarską zaszła konieczność rozbiórki kolegiaty, która groziła zawaleniem oraz niektórych budynków warowni. W latach 1690-1702 prace nad rozbudową warowni prowadził Jakub Carove. Średniowieczne mury zastąpiono wówczas kurtynami i bastionami. Wzniesiono pięć bastionów: Jabłonki, Ludmiły i Wacława, które osłaniały twierdzę od północy i wschodu, Alarmowy i Dzwonnik od południa i zachodu oraz półbastion Orzeł. Bastiony zostały osłonięte rawelinami – Polnym i Jabłonką oraz fosą.
W 1742 roku na mocy traktatu wrocławskiego kończącego I wojnę śląską twierdza przechodzi w ręce Prusaków, którzy zajęli Dolny Śląsk wraz z Hrabstwem Kłodzkim. Za panowania króla Prus Fryderyka II rozbudowano i ufortyfikowano kłodzką twierdzę. W 1743 roku generał Gerhard Cornelius de Wallrave przygotował nowe projekty dla twierdzy w Kłodzku. Początkowo pracami kierował sam generał Wallrave, po oskarżeniu go o zdradę stanu, zastąpiony przez pułkownika inżyniera Friedricha Christiana von Wrede. W tym czasie powstał fort pomocniczy na Owczej Górze. W 1760 roku twierdzę kłodzką zdobyły wojska austriackie, jednak po trzech latach twierdza wróciła pod panowanie pruskie. Po okresie wojen śląskich (1770 rok) rozebrano resztki zamku mieszkalnego, kaplicy i kościoła, w którego miejscu zbudowano ogromny donżon, stanowiący odtąd centralny punkt twierdzy, a w północno-zachodniej części twierdzy powstała podziemna sieć chodników minerskich. W donżonie zbudowane trzypoziomowe kazamaty i magazyny o głębokości do 20 metrów. W kazamatach umiejscowiono zbrojownię, aptekę, laboratorium i pomieszczenia załogi. Na miejscu zburzonego zamku niskiego wzniesiono słoniczoło przedzamcza oraz bastiony Wysoki, Dolny, Widok, Alarmowy oraz Kleszcz Tumski.
Podczas wojny francusko-pruskiej w latach 1806-1807 kłodzka twierdza wraz z twierdzą w Srebrnej Górze odegrała poważną rolę, będąc główną bazą wypadową dla wojsk generalnego gubernatora Śląska hrabiego Friedricha Wilhelma von Götzenena, dowodzącego siłami pruskimi. W czerwcu 1807 roku wojska pruskie poddały twierdzę wojskom Hieronima Bonapartego, ale faktycznie twierdzy nie wydano z uwagi na pokój w Tylży zawarty 9 lipca 1807 roku. W roku 1877 rząd Prus zdecydował o rozbrojeniu twierdzy jako przestarzałej.
Po przebudowie warowni przez króla Fryderyka Wielkiego aż do roku 1945 twierdza oprócz roli militarnej pełniła również funkcję ciężkiego więzienia. W roku 1864 w twierdzy uwięziono powstańców z powstania styczniowego z terenów Wielkopolski. W 1870 roku osadzono tu jeńców francuskich.
Podczas II wojny światowej w latach 1940-1943 twierdza była filią obozu koncentracyjnego Gross-Rosen, umieszczano w niej jeńców wojennych, dezerterów z armii niemieckiej oraz podejrzanych o działania na szkodę Rzeszy. W 1944 roku na teren twierdzy przeniesiono ewakuowane z Łodzi zakłady AEG, które produkowały części do pocisków V-1 oraz urządzenie elektryczne do łodzi podwodnych i lotnictwa.

W 1960 roku twierdza została uznana za zabytek i udostępniona turystom. W 1970 roku na terenie twierdzy nakręcono część zdjęć do ostatniego odcinka serialu "Czterej pancerni i pies".
Obecnie twierdza dostępna jest dla turystów wraz z odcinkiem trasy podziemnej biegnącej dawnymi chodnikami minerskimi o długości około jednego kilometra  (fot.)  (fot.). Udostępniona turystom część twierdzy stanowi zaledwie 10% całego obiektu (twierdza zajmuje powierzchnię około 32 ha). Z bastionów twierdzy można podziwiać wspaniałą panoramę miasta i otaczających go gór  (fot.)  (fot.)  (fot.).
Na terenie Twierdzy Kłodzko działa grupa rekonstrukcyjna odtwarzająca 47 pułk piechoty pruskiej z 1806 roku. Od sierpnia 2006 roku w kłodzkiej twierdzy odbywają się Dni Twierdzy Kłodzkiej, których stałym punktem jest rekonstrukcja bitwy z okresu wojen napoleońskich.
Wstęp na teren twierdzy jest płatny. Można kupić jeden wspólny bilet na zwiedzanie twierdzy i podziemnych labiryntów lub bilet pojedyńczy do twierdzy lub labiryntów. Zwiedzanie twierdzy w grupach z przewodnikiem.

Kłodzko leży w północno-wschodniej części Kotliny Kłodzkiej nad rzeką Nysą Kłodzką, u podnóża Gór Bardzkich. Miasto jest siedzibą powiatu kłodzkiego w województwie dolnośląskim i stolicą historycznego Hrabstwa Kłodzkiego. Według danych z roku 2011 miasto liczyło prawie 29000 mieszkańców.