Zbudowany w 1250 roku w stylu gotyckim  (fot.)  (fot.). W I połowie XIV wieku częściowo przebudowany i rozbudowany przez ówczesnego właściciela Małujowic Samboriusa z Ostrzeszowa. W latach 1360-1370 powstały bogate polichromie wczesnogotyckie o tematyce staro- i nowotestamentowej wykonane przez artystę ze szkoły praskiej, ucznia wybitnego mistrza Teoderyka, nadwornego malarza cesarza Karola IV. Polichromie znajdowały się na stropie nawy kościoła, obecnie znajdują się na strychu po późniejszym wybudowaniu drewnianego sufitu obniżającego nawę. Na początku XV wieku dobudowano wieżę, przedsionek i rozpoczęto pokrywanie ścian i sufitu nową serią polichromii o tematyce biblijnej. Malowanie polichromii zakończono dopiero w latach 80-tych XV wieku. Ścianę tęczową wypełnia wielka kompozycja Sądu Ostatecznego podzielona na trzy części. U góry znajduje się Chrystus w otoczeniu apostołów i aniołów, w dwóch dolnych strefach po lewej zbawieni, a po prawej potępieni. Pozostałe ściany nawy dają pełny cykl ze Starego Testamentu (na ścianach południowej i zachodniej) oraz Nowego Testamentu (na ścianie północnej)  (fot.)  (fot.). W 1500 roku zbudowano nowy strop w nawie złożony z 640 desek o barwnych ornamentach roślinnych, zwierzęcych i heraldycznych.
W 1526 roku kościół przejęli protestanci. W 1817 roku wszystkie malowidła zostały przykryte tynkiem. W latach 60-tych XIX wieku tynk w nawie głównej skuto, a polichromie poddano niezbyt fachowej restauracji przez pruskich konserwatorów. Prace polegały m.in. na domalowaniu brakujących fragmentów i przemalowaniu słabo zachowanych.
W 1945 roku kościół ponownie objęli katolicy, a w 1964 roku odkryto spod tynku na strychu najstarsze polichromie. Fachową konserwację polichromii przeprowadzono w 2010 roku przez zespół pod kierunkiem dr. Jarosława Adamowicza, prodziekana Wydziału Konserwacji i Renowacji Dzieł Sztuki Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Konserwacja przywróciła malowidłom ich pierwotny gotycki charakter. Obecnie kościół ma jeden z najbogatszych w Polsce cykli gotyckich malowideł ściennych tworzących cykl biblijny. Cykl ten pomyślany został jako Biblia Pauperum (czyli Biblia Ubogich).
Wewnątrz kościoła, oprócz malowideł, warto zwrócić uwagę na główny, późnobarokowy ołtarz z 1680 roku  (fot.), częściowo przekształcony w 1812 roku. W ołtarzu rzeźby św. św. Augustyna i Norberta, a w zwieńczeniu Jerzego, Agnieszki, Cecylii i Floriana. Oprócz ołtarza późnorenesansowa ambona z 1600 roku, późnogotyckie tabernakulum z 1511 roku, gotycka chrzcielnica, drewniany chór muzyczny z 1717 roku wsparty na okrągłych słupach z prostym malowanym parapetem. Na chórze drewniane, późnobarokowe organy  (fot.). W sąsiedztwie ołtarza głównego rzeźby: Matki Boskiej Bolesnej z 1500 roku, św. Andrzeja i Bartłomieja oraz obraz Chrystusa na Górze Oliwnej z I połowy XIX wieku.
Przy wejściu do kościoła znajduje się bardzo cenny, gotycki, bogato rzeźbiony portal z tympanonem przedstawiającym koronację Matki Boskiej, nawiedzenia św. Elżbiety i pokłonu trzech króli  (fot.). Tympanon obramowany jest cyklem rzeźb panien mądrych i głupich oraz rzeźbionymi rozetami i elementami roślinnymi. Obok kościoła, na dawnym przykościelnym cmentarzu w pobliżu zamurowanej bramki prowadzącej z ulicy do kościoła stoi monolitowy krzyż kamienny  (fot.). Prawdopodobnie jest to krzyż pokutny, czyli krzyż fundowany przez zabójcę w wyniku jego umowy z rodziną zabitego mającej zapobiec odwetowi. Według legendy w tym miejscu odrzucony młodzieniec popełnił morderstwo na pannie młodej idącej z innym do ślubu...
Kościół św. Jakuba Apostoła w Małujowicach leży na Szlaku św. Jakuba i na Szlaku Polichromii Brzeskich. We wrześniu 2016 roku, dekretem metropolity wrocławskiego, abp Józefa Kupnego, w kościele ustanowiono Diecezjalne Sanktuarium Świętego Jakuba Apostoła.

Kościół znajduje się w miejscowości Małujowice (gmina Skarbimierz, powiat brzeski, województwo opolskie). Przez wieś przebiega droga krajowa nr 39. Miejscowość położona jest w odległości około 7,5 km na zachód od Brzegu.
Liczba ludności Małujowic przekracza nieco 400 osób.